Thomas Anderson lavora alla Metacorex come programmatore di software. Di giorno fa la vita di un normale cittadino mentre di notte fa l'hacker facendosi chiamare "Neo". Una sera conobbe Triniti la quale faceva parte di una misteriosa resistenza. Lei voleva fare conoscere a Neo il suo leader soprannominato "Morpheus". Gli agenti misero una cimice all'interno di Neo per controllarlo. Riuscì fortunatamente a liberarsene e ad incontrare Morpheus che gli offrì due possibilità ovvero seguirlo in un viaggio dove troverà la risposta ai suoi dubbi oppure tornare alla vita di sempre. Scelse la prima opzione che lo portò in uno strano mondo. Matrix é il nome di questa strana simulazione virtuale. Smith e gli altri agenti sono i custodi di quel mondo, potenti guardiani. Neo mano a mano divenne sempre più potente.